في أوائل التسعينات من القرن العشرين، بدأت فكرة انشاء المتحف الأول من نوعه في تاريخ الطائفة السامرية تجول في خاطر كاهن الطائفة السامرية حسني واصف. على أثر ازدياد أعداد الزوار والسياح الأجانب من كافة دول العالم، ورغبتهم في التعرف على الطائفة السامرية دون توفر مكان خاص لاستقبالهم وتلبية حاجاتهم للتعرف على أصغر طائفة موجودة في العالم، أخذ الكاهن الفكرة على محمل الجد وقرر إنشاء المتحف السامري.

في عام 1997 م ، فسر الكاهن حسني واصف  اسم الشهيد ياسرعرفات “أبو عمار” الذي بدوره ساهم مادياً ومعنوياً بدعم فكرة إنشاء هذا المتحف . تحولت الفكرة لواقع وتم إفتتاح المتحف رسمياً .

وفي عام 2010 تم تأهيل المتحف من قبل وزارة السياحة والآثار الفلسطينية وبالتعاون مع منظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة – اليونيسكو .